O Município da Serra possui uma vasta rede hidrográfica constituída por rios, ribeirões, áreas alagadas e alagáveis, diversos córregos, faixa litorânea e um complexo lacunar bastante diversificado. Além de apresentarem importância econômica, as lagoas da Serra estão entre os sistemas naturais mais representativos do município por possuírem grande beleza cênica e por serem refúgios para várias espécies de fauna e flora naturais. A conservação das lagoas está diretamente relacionada à preservação da “vegetação ciliar”, de suas nascentes e córregos contribuintes, bem como da qualidade de suas águas.

• Lagoa do Juara é a maior lagoa do município e tem como principal afluente o Ribeirão Juara. No período de novembro a fevereiro é observado o fenômeno da piracema. As lagoas Juara e Jacuném fazem parte da Bacia Hidrográfica do Rio Jacaraípe e deságuam na Praia de Jacaraípe.
• Lagoa Jacuném abrange uma grande área urbana da Serra. Inserida entre o CIVIT, as proximidades de Feu Rosa e Barcelona. É muito utilizada para pesca.
• Lagoa Sarapongá está situada na região de Queimado, na baixada próximo ao Morro Mororon.
• Lagoa de Carapebus é um importante ponto turístico, separada do mar apenas por bancos de areia em certos trechos. Próximo a ela está a pequena Lagoa do Baú.
• Lagoa Maringá é uma lagoa artificial, originado pelo represamento parcial do Córrego Maringá, feito pela Rodovia ES-010, próximo ao balneário de Manguinhos.